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次世代シーケンス トランスクリプトーム解析

Service > NGS > transcriptome
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特徴  サンプル条件  サービス内容  納品物  価格・納期  お見積もり・資料請求

 

NGSキャンペーン2017

トランスクリプトーム解析 10%off キャンペーン中!

 

● キャンペーン内容
トランスクリプトーム解析 6サンプル以上をご依頼の場合、 10%off いたします。

● キャンペーン期間
2018年1月31日ご注文まで受付。

 

特徴

 

mRNA-Seq 遺伝子発現量解析
【mRNA-Seq 遺伝子発現量 × HiSeq 2500 バリュープライス】

 

遺伝子配列リソースが充実した生物種における、mRNA-Seqによるサンプル間の遺伝子発現量 (Differential Expression)解析を行います。バイオインフォマティックスでは、マッピング、変異候補抽出をオプション解析することができます。

  • mRNA精製:ポリA精製 or rRNA枯渇
  • Strand specific ライブラリ調製
  • バイオインフォマティクス解析:遺伝子発現量解析 or 変異抽出解析ができる(変異抽出解析も可)

 

サンプル条件

 

RNAサンプルのご準備に際しての注意事項は以下の通りです。

 

  • 高品質のtotal RNAを5μg以上(濃度は20ng/μl以上)ご調製ください。
  • 核酸定量は、蛍光測定法をお勧めします。サンプル量が規定量に満たない場合はご相談ください。
  • RNAサンプルはRNase-free水もしくは、市販RNA抽出キット付属の溶出液に溶解してください。
  • 電気泳動にてサンプルに分解がないことをご確認ください。
  • DNAのコンタミネーションがないことを確認してください(DNase処理を推奨)。
  • ドライアイス梱包にてクール便で送付してください。

 

サービス内容

 

  1. 受領したRNAサンプルについて、品質確認(サンプルQC)を行います。
  2. 目的に応じたRNAの精製を行います。
    ポリA精製 (*1) もしくは、rRNA枯渇処理 (*2)
  3. 精製したRNAの断片化を行います。
  4. ランダムプライマーを用いた逆転写反応により、cDNAを合成します。
  5. アダプター付加、2nd Strand cDNAの断片化を行い、Strand-specific mRNAライブラリーを調製します。
  6. 調製したライブラリーをシーケンシングします。
  7. (オプション解析)取得した配列を参照配列(*3)にマッピングし、遺伝子発現量の定量解析などを行います。

 

*1 mRNA-Seqライブラリ調製: ポリA精製

真核生物を対象とした標準ライブラリ調製方法です。total RNA をサンプルとしてお預かりして、ポリA精製を行い、mRNAを精製します。この mRNA を cDNA 化し、所定のアダプタを付加することにより、mRNA-Seq (Strand Specific)ライブラリを調製します。

 

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*2 mRNA-Seqライブラリ: 細菌の場合

rRNA 枯渇処理 (通常はIllumina RiboZeroを使用)

原核生物(細菌)の場合、mRNA は原則として ポリA構造を持たないため、これを用いた mRNA 精製が困難です。かといって精製を行わないでシーケンシングをしても、rRNA配列ばかりを読んでしまうことになります。細菌トランスクリプトーム解析を実現するためには、予めプローブによる rRNA 枯渇処理を行ってから、cDNA 化、ライブラリ調製を行う必要があります。生物種により相性がありますので、予めご相談ください。なお、実際の rRNA 枯渇の程度については、当社で保証することはできません。

ヒト・マウス・ラットの total RNA サンプルからも、rRNAを効率よく除去することができます。断片化が進んだFFPEサンプルのrRNA除去に有効なだけではなく、ポリA精製によって失われていた、ポリA末端を持たないトランスクリプトをシーケンス解析対象とすることが可能となります。詳細については、お問い合わせください。

 

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*3:参照配列

標準サービスでは、mRNA配列を参照配列としたマッピングを行います。
オプション解析として、参照ゲノム配列を対象としたマッピングを行います。

 

納品物

 

mRNA-Seq データのマッピング&遺伝子発現量解析

 

    解析なしの場合
  • Rawデータ(FASTQ形式)

    解析ありの場合
  • シーケンシング配列データ fastQ形式
  • マッピング結果データ bam形式
  • 遺伝子発現量データ Excelで閲覧可能な形式

 

価格・納期

 

mRNA-Seq遺伝子発現量解析

 

  • サンプルQC、Strand Specificライブラリ調製、出荷費用を含みます
  • Hiseq 2500/2000  2×100bp (*), 0.4億リード/total〜
  • 納期 : 7~10週

 

* 2x125bpの場合の価格・納期についてはご相談ください。

 

 項目 価格(税別価格)
バリュープライス ¥95,000 /1サンプル
<遺伝子発現量解析 +¥60,000>
4サンプル マルチプレックスバリュープライス ¥250,000 /4サンプル
<遺伝子発現量解析 +¥105,000>
8サンプル マルチプレックスバリュープライス ¥370,000 /8サンプル
<遺伝子発現量解析 +¥165,000>

 

【オプション】

 項目 価格(税別価格)
細菌、ヒト、マウス、ラット
mRNA-Seqの為の「rRNA枯渇サービス」
+¥30,000 /サンプル

 

  ※対応細菌種については、予めお問い合わせください。

 

 

お見積もり・資料請求

下記ボタンのリンク先ページに必要事項をご記入の上お申し込みください。

 

お見積り・資料請求

 


お問い合わせ

サービス詳細やご不明な点などお気軽にお問い合わせください。

 

ユーロフィンジェノミクス株式会社
次世代シーケンス プロダクトサポート
E-mail ngs-jp@eurofins.com
TEL 03-5492-7214

 

 

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HiSeq, MiSeqはIllumina社の、PacBio SequelはPacific Bioscience社の商標です。

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