スタンダードオリゴ　修飾品

修飾品リスト

• ビオチン化

• 蛍光色素

• リン酸化

• アミノ化

• チオール化

• ダブル標識プローブ

• ホスホロチオエート (S化)

• 縮重塩基(Wobbles)

• デオキシイノシン

• デオキシウリジン

• ハロゲン化塩基

• その他の修飾

• 参考文献

ビオチン化

ビオチンは、非芳香族複素環式化合物に4-カルボキシブチル末端を持ちます。様々なビオチン誘導体をお選び頂けます。
アプリケーション：ビオチン分子はストレプトアビジンや、その他の類似のタンパク質に強い親和性を持ちます。ビオチンラベルオリゴDNAは、ストレプトアビジン-タンパク質コンジュゲート、ストレプトアビジンカラムあるいはラベル化ストレプトアビジンと結合します。例えば、ストレプトアビジン-西洋ワサビ過酸化酵素(HRP)コンジュゲートがビオチン化オリゴDNAとカップリングし、HRPオリゴDNAとなることで、様々な化学発光分析に利用できます。
ビオチン分子は、8原子スペーサー(Biotin-ON)、15原子スペーサー（Biotin-TEG）あるいはチミジン残基(Biotin-dT)を使用してオリゴDNAに修飾できます。ユーロフィンのスタンダードは”Biotin-ON”です。ビオチン修飾は、5’末端、3’末端、インターナルのいずれの箇所にも修飾可能です。 インターナル修飾では、Biotin-ON（構造が空間的にデオキシリボースに類似している）及びBiotin-dT（ビオチン修飾チミジン残基）を推奨します。この他、光感受性修飾分子(photocleavable modifier)であるBiotin PCもご用意しております。

構造式

【　Biotin-TEG　】

【　Biotin-ON　】

【　Biotin-dT　】

蛍光色素

蛍光色素
蛍光色素ラベリングしたオリゴDNAは蛍光検出による自動化DNAシーケンシングに通常使用されます。シングルタイプの色素は、ファルマシア製ALFシーケンサーに使用されます。4種の色素(ABI dye)の組み合わせは、アプライド バイオシステムズ社シーケンサーに使用されます。その他のアプリケーションとして、蛍光色素ラベリングしたオリゴDNAは、Realtime定量 PCR、Allele discrimination、またin situ hybridization用プローブとしても使用されます。ユーロフィンでは、Fluorescein(6-FAM)、HEX、TET、TAMRA、ROX等、多数の蛍光色素を取り扱っております。

 蛍光色素についてのデータ（吸収波長、発光波長等）

リン酸化

オリゴDNA合成時にリン酸ジエステル構造はヌクレオチド間にありますが、5’末端あるいは3’末端 の水酸基には存在しません。必要に応じて、オリゴDNAの5’末端あるいは3’末端にリン酸基を修飾することも可能です。例えば、オリゴDNAをライゲーションするためには、5’末端にリン酸基が必要となります。

アミノ化

アミノ修飾試薬は第1級アミノ基をオリゴDNAに導入する場合に使用します。様々なタイプのアミノ修飾試薬がございますので、オリゴDNAの用途に合わせて適切な試薬をご利用頂けます。第1級アミノ基 は、主にNHS－エステルの形で使用されます。また、オリゴヌクレオチドマイクロアレイのスライドへの固定にも用いられます。
ユーロフィンでは5’ラベリングとしてAmino Modifier C6を使用します。6炭素スペーサーの末端に第１アミノ基が結合した構造です。また、3’ラベリングには3’Amino Modifier C7 CPGを使用します。この試薬は枝分かれした７炭素スペーサーです。その他、インターナル修飾には、Uni-link Amino Modifier (デオキシリボースと同程度の大きさを持つC6修飾)、Amino Modifier C2 dT、Amino Modifier C6 dT(いずれもアミノ修飾されたチミジン残基)をお選びいただけます。

構造式

【 AmC6　】

【　AmC7　】

【　AmC2dT　】

【　Uni-link　】

 チオール化

DNA-金コンジュゲートを用いた核酸の検出法、マイクロアレイオリゴDNAのリンカー修飾に使用されます。
チオール化オリゴDNA脱保護方法はこちら。 
 

ダブル標識プローブ

ダブル標識プローブは5’末端に蛍光物質、3’末端にクエンチャーが修飾されています。このプローブは、リアルタイム定量PCR、アリル判別(Allele
discrimination)、SNP検出に使用します。リアルタイムPCR用サイクラー及び蛍光色素の対応表はこちら。

ホスホロチオエート (S化）

ホスホロチオエート基は、リン酸基の酸素原子が硫黄原子に置換された構造です。Sオリゴとも呼ばれます。S化は、オリゴDNA内の全てのリン酸基の箇所、あるいは一部のリン酸基について行うことができます。Sオリゴの骨格はほとんどのエキソヌクレアーゼ、エンドヌクレアーゼの活性に耐性があります。この構造の安定性から、アンチセンス研究に使用されます。

構造式

　【　Phosphorthioate　】

縮重塩基 (Wobbles)

2種類以上の塩基を等量混合し、合成するものです。
縮重塩基は、既知のアミノ酸配列から推測される遺伝子配列のハイブリダイゼーションのために使用される塩基配列です。例えば、ヒスチジンは、CACあるいはCATをコードしますが、この配列に対して、「CAY」の合成を行います。（「Y」はCとTの等量混合を表します。）
Wobbleの対応表は以下の通り。

※各塩基を構成するためのアミダイト原料は等モルずつ混合いたしますが、カップリング効率はアミダイトの組合せなど様々な要因に影響を受けるため、実際の合成物における等モル混合比は保証されません。

デオキシイノシン(DeoxyInosine)

Hypoxanthineを含むデオキシヌクレオチド(6-hydroxypurine)。
縮重プライマー配列の設計で、あまりにもプライマー数が多くなり、結果的にプライマー1種類あたりのモル数が少なく、特異性が低下することがあります。このとき、テンプレートの一部の塩基に対して、積極的に結合もしないが、2本鎖形成を阻害することもないイノシンをユニバーサル塩基として使用することがあります。

構造式

【　DeoxyInosine　】

デオキシウリジン(DeoxyUridine)

ウラシルを含む配列は、チミンのように働きます。しかし、Uracil-N-glycosylaseは、特異的にウラシルを除去し、デオキシウリジンの位置に塩基を含まない箇所をつくります。

構造式

【　DeoxyUridine　】

ハロゲン化塩基

オリゴDNA内のhalogenated base (ハロゲン化塩基)は、タンパク質-DNA複合体の構造解析に使用します。 

その他の修飾

以下のような修飾も可能です。
2'O-Methyl RNA
3'-Glyceryl
3'-Terminators
Acrydite
Cholesterol labeling
Dabcyl
Digoxigenin labeling
Methylated nucleosides
Spacer Reagents
Thiol Modifications

この他の修飾タイプはこちら

参考文献

Tyagi S, Bratu D, Kramer FR, Multicolor molecular beacons for allele discrimination, Nature Biotechnology 1998, 16: 49-53.
Kramer FR, Tyagi S, Vet JAM, Marras SAE, Molecular beacons: hybridization probes for detection of nucleic acids in homogeneous solutions, molecular-beacons.org.

molecular-beacons.org: http://molecular-beacons.org/