PROD - TOK

20.1.0.0 | 20.3.1.8

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Information

  • サービスフライヤーはこちらpdf (PDF)
  • サービスを利用したお客様(国立感染症研究所 薬剤耐性研究センター 鈴木 仁人先生)よりカスタマーボイスを頂戴いたしました。

 

サービス概要

Oxford NanoporeTechnologies(ONT)の最新のロングリードシーケンステクノロジーを使用し、
2.5 kb~300 kbの環状プラスミドDNAの全長配列決定とアノテーションを行います。

 

特長

  • PCRによる増幅、シーケンスプライマー不要
  • GCリッチ、およびリピート配列に最適
  • ベクター配列を検証できる
  • プラスミドのカバレッジは平均100倍以上

 

サービスタイプ・価格・納期

本サービスはプラスミドのサイズに合わせてRegular(2.5-25 kbp), Large(25-125 kbp), XL(125-300 kbp)の3つのサービスタイプがあります。

サービス名 サイズ 価格 納期
Regular 2.5 - 25 kbp ¥9,000 1 - 2 週間
Large 25 - 125 kbp ¥12,000
XL 125 - 300 kbp ¥15,000

 

納品物

  • データ分析レポート(HTML形式)
  • プラスミドアセンブル配列(FASTA形式)
  • 注釈付きプラスミドアセンブル配列(GenBank形式)*
  • アノテーションテーブル
  • プラスミドアセンブル配列**
  • 信頼性スコアを含む各塩基の品質

*  シーケンスと特徴をSnapGene等のソフトウェアにインポートできます
**   SnapGene Viewer等のソフトウェアで表示することで、信頼性の低い位置をすばやく識別できます
***  生データもご希望があればお送りすることが可能です
**** プラスミドマップとアノテーションテーブルは、アセンブル配列が2.5 – 50 kbの場合にのみ作成されます

解析終了後に、結果送信先メールアドレス宛に、データを添付した結果報告メールをお送りいたします。
データ解釈ガイドはこちらpdf (PDF)

 

サンプル調製

サンプルはヌクレアーゼフリーの水もしくは、10 mM Tris-HCl(pH 8.5 )に溶解し、下記の濃度、容量にて1.5 mLチューブにてお送りください。

サービス名 サイズ 濃度 最低容量
Regular 2.5 - 25 kbp 30 ng/µl 10 µl
Large 25 - 125 kbp 50 ng/µl 20 µl
XL 125 - 300 kbp 50 ng/µl 40 µl

濃度測定の際には分光光度計による測定はせず、蛍光による測定法を用いてください。
分光光度計による方法では濃度が不足し、データが取れない場合がありますのでご了承ください。

 

サンプル提出方法

下部にあるフォームよりお申込み後、弊社にサンプルをお送りください。
発送は常温でお願いいたします。
着払いでも受け付けいたします。

送付先住所

〒143-0003 東京都大田区京浜島3-5-5 日通京浜島センター新棟2F

ユーロフィンジェノミクス株式会社 シーケンス部門 プラスミド丸読み担当宛
TEL: 03-6631-0104

お申し込み方法

下記のフォームに必要事項を入力後、弊社までサンプルをお送りください。

whole plasmid orderbutton

 

FAQ

最低サンプル数はありますか?
サンプルは何点でも結構です。
精度はどのくらいですか?
使用している装置のメーカーによると、精度は99.3%とされています。また、研究者の間では93~98%の精度と聞いています。
プラスミド丸読みサービスはサンガーシーケンスと比べてどうですか?

どちらのシーケンス法にも長所と短所があります。サンガーシーケンスとOxford Nanoporeシーケンス(ONT)は、どちらもDNA断片の塩基配列を決定する方法です。一般的に、サンガー法は短いリードのシーケンスでは最も正確な方法であり、NGS法は長いリードのシーケンスに適していると考えられています。 全体として、サンガーシーケンスとONTのどちらを選択するかは、アプリケーションの特定のニーズによって異なります。どちらの方法にも長所と限界があり、適切な方法は、DNAサンプルの長さや質、希望する精度レベル、必要な装置のコストや入手可能性などの要因によって異なります。

  利点 欠点
サンガーシーケンス ・広く使用され、確立された方法
・精度と正確性が高い
・ハイスループットシーケンスの自動化が可能
・結果の視覚的解釈が容易
・リード長に制限がある(通常1000塩基対まで)
・比較的大量の高品質DNAが必要
・長い領域をカバーするには複数のプライマー設計が必要
・繰り返し領域は苦手
プラスミド丸読みサービス ・長いリード長(最大数十万塩基対)
・低品質や劣化したDNAを含む、幅広いサンプルタイプの配列決定が可能
・プライマー設計が不要
・サンガーシーケンスと比較して、特に短いリードでは精度が低い
・サンガーシーケンスに比べて塩基対あたりのコストが高い
・単一塩基の解析ができない

 

混合プラスミドのシークエンスをお願いできますか?
お送りいただければシークエンスは可能ですが、解析結果の予測やお約束はできません。その場合のリスクはお客様が負うことになります。
サンプルが読めなかった場合にはどうなりますか?
解析毎に、ライブラリー調製とシーケンシングがうまくいっているかを複数の品質管理(QC)測定を実施しています。すべての測定で満足のいく結果が得られている場合、失敗したサンプルの再シーケンスはできません。
細菌ゲノムサンプルやアンプリコンを提出できますか?
サービスローンチの検討は現在行っておりますが、現状ではお受けできません

お問い合わせ・サンプル送付先

受託DNAシーケンスサービスについてご不明な点などありましたら、担当者までお気軽にご相談ください。



ユーロフィンジェノミクス株式会社
DNAシーケンス部門 宛
〒143-0003 東京都大田区京浜島3-5-5 日通京浜島センター新棟2F
E-mail sequence-jp@eurofins.com
TEL 03-6631-0104

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