Information
- サービスを利用したお客様(国立感染症研究所 薬剤耐性研究センター 鈴木 仁人先生)よりカスタマーボイスを頂戴いたしました。
サービス概要
Oxford NanoporeTechnologies（ONT）の最新のロングリードシーケンステクノロジーを使用し、
2.5 kb～300 kbの環状プラスミドDNAの全長配列決定とアノテーションを行います。
特長
- PCRによる増幅、シーケンスプライマー不要
- GCリッチ、およびリピート配列に最適
- ベクター配列を検証できる
- プラスミドのカバレッジは平均100倍以上
サービスタイプ・価格・納期
本サービスはプラスミドのサイズに合わせてRegular(2.5-25 kbp), Large(25-125 kbp), XL(125-300 kbp)の3つのサービスタイプがあります。
| サービス名 |
サイズ |
価格 |
納期 |
| Regular |
2.5 - 25 kbp |
¥9,000 |
1 - 2 週間 |
| Large |
25 - 125 kbp |
¥12,000 |
2 - 3 週間 |
| XL |
125 - 300 kbp |
¥15,000 |
納品物
- データ分析レポート(HTML形式)
- プラスミドアセンブル配列(FASTA形式)
- 注釈付きプラスミドアセンブル配列(GenBank形式)*
- アノテーションテーブル
- プラスミドアセンブル配列**
- 信頼性スコアを含む各塩基の品質
* シーケンスと特徴をSnapGene等のソフトウェアにインポートできます
** SnapGene Viewer等のソフトウェアで表示することで、信頼性の低い位置をすばやく識別できます
*** 生データもご希望があればお送りすることが可能です
**** プラスミドマップとアノテーションテーブルは、アセンブル配列が2.5 – 50 kbの場合にのみ作成されます
解析終了後に、結果送信先メールアドレス宛に、データを添付した結果報告メールをお送りいたします。
データ解釈ガイドはこちら
(PDF)
サンプル調製
サンプルはヌクレアーゼフリーの水もしくは、10 mM Tris-HCl(pH 8.5 )に溶解し、下記の濃度、容量にて1.5 mLチューブにてお送りください。
| サービス名 |
サイズ |
濃度 |
最低容量 |
| Regular |
2.5 - 25 kbp |
30 ng/µl |
20 µl |
| Large |
25 - 125 kbp |
50 ng/µl |
30 µl |
| XL |
125 - 300 kbp |
50 ng/µl |
50 µl |
濃度測定の際には分光光度計による測定はせず、蛍光による測定法を用いてください。
分光光度計による方法では濃度が不足し、データが取れない場合がありますのでご了承ください。
サンプル提出方法
下部にあるフォームよりお申込み後、弊社にサンプルをお送りください。
発送は常温でお願いいたします。
発送はお客様負担（元払い）でお願いいたします。
送付先住所
〒143-0003 東京都大田区京浜島3-5-5 日通京浜島センター新棟2F
ユーロフィンジェノミクス株式会社 次世代シーケンス部門 プラスミド丸読み担当宛
TEL: 03-6631-0106
お申し込み方法
下記のフォームに必要事項を入力後、弊社までサンプルをお送りください。
FAQ
- 最低サンプル数はありますか？
- サンプルは何点でも結構です。
- 精度はどのくらいですか？
- 使用している装置のメーカーによると、精度は99.3％とされています。また、研究者の間では93～98％の精度と聞いています。
- プラスミド丸読みサービスはサンガーシーケンスと比べてどうですか？
-
どちらのシーケンス法にも長所と短所があります。サンガーシーケンスとOxford Nanoporeシーケンス（ONT）は、どちらもDNA断片の塩基配列を決定する方法です。一般的に、サンガー法は短いリードのシーケンスでは最も正確な方法であり、NGS法は長いリードのシーケンスに適していると考えられています。 全体として、サンガーシーケンスとONTのどちらを選択するかは、アプリケーションの特定のニーズによって異なります。どちらの方法にも長所と限界があり、適切な方法は、DNAサンプルの長さや質、希望する精度レベル、必要な装置のコストや入手可能性などの要因によって異なります。
| |
利点 |
欠点 |
| サンガーシーケンス |
・広く使用され、確立された方法
・精度と正確性が高い
・ハイスループットシーケンスの自動化が可能
・結果の視覚的解釈が容易 |
・リード長に制限がある（通常1000塩基対まで）
・比較的大量の高品質DNAが必要
・長い領域をカバーするには複数のプライマー設計が必要
・繰り返し領域は苦手 |
| プラスミド丸読みサービス |
・長いリード長（最大数十万塩基対）
・低品質や劣化したDNAを含む、幅広いサンプルタイプの配列決定が可能
・プライマー設計が不要 |
・サンガーシーケンスと比較して、特に短いリードでは精度が低い
・サンガーシーケンスに比べて塩基対あたりのコストが高い
・単一塩基の解析ができない |
- 混合プラスミドのシークエンスをお願いできますか？
- お送りいただければシークエンスは可能ですが、解析結果の予測やお約束はできません。その場合のリスクはお客様が負うことになります。
- サンプルが読めなかった場合にはどうなりますか？
- 解析ごとにライブラリ調製およびシーケンスについての工程管理を複数の基準で行っております。なお、いただいたサンプルのQCは行っておりません。
全ての工程管理に問題がなかった場合、サンプルが読めなかった場合でも既定の費用を頂戴いたしますのでご了承ください。
- 細菌ゲノムサンプルやアンプリコンを提出できますか？
- サービスローンチの検討は現在行っておりますが、現状ではお受けできません
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