空間マルチオミックス解析-GeoMx

Information

GeoMxを用いた空間プロファイリング解析サービスの取り扱いを開始しました！(PDF)

サービス概要

本サービスは、GeoMx Digital Spatial Profilerを用いてFFPEおよび新鮮凍結組織切片の空間トランスクリプトミクスおよび空間プロテオミクス解析を提供するサービスで、これまでのシングルセルシーケンスでは失われてしまう位置情報を保持しつつ、同じ表現型を持つ細胞集団の比較解析が可能です。

関心領域(ROI)における局所での遺伝子発現を目的に応じてプロファイリングできるので、ガンの微小環境における遺伝子発現解析などに最適なサービスです

＊本サービスはユーロフィンジェネティックラボ㈱にて解析を実施いたします。

主なGeoMx使用用途

腫瘍免疫、神経科学分野をはじめとした領域の
ディスカバリーからトランスレーショナルリサーチまで幅広い研究
トランスクリプトーム解析
治験効果を予測するバイオマーカー探索

特長

豊富な網羅的発現解析データ（18,000以上のRNA、570以上のタンパク質）を取得可能
標識画像を基にROI(関心領域) を選択し、位置情報を保持したまま細胞集団の解析が可能
FFPEアーカイブ検体を用いた解析が可能

FAQ

Q1. GeoMxの特長は？

A1.
- ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）に最適化されています。
- Protein/RNAいずれの解析も可能です。
- 細胞形態を維持したままの解析が可能です。
- フリーハンドでの解析領域（ROI）の設定が可能です。
- コンパートメント別のプロファイリングが可能です。
- パネルの種類が豊富で、1回のアッセイでRNAは最大1.8万、Proteinは最大570以上のターゲットを検出可能です。

Q2. GeoMxではどのようにターゲットを検出していますか？

A2.
特許取得のDNAバーコード技術によって、 RNA検出ではターゲット相補配列プローブに、タンパク質検出ではターゲット特異抗体にインデックスオリゴ（いわゆるバーコードオリゴ）を標識しています。

インデックスオリゴは、UV分解性リンカーを介してプローブや抗体に標識されており、関心領域にUVを照射することで、領域内のインデックスオリゴを回収、検出することができます。

Q3. 切片の厚さは？

A3.
5µmで提供ください。

Q4. 切片作製から解析までの期限は？

A4.
作製から3カ月以内の切片を推奨しています。

Q5. 切片作製の条件は？

A5.
スライドグラス上の縦14.1㎜、横35.3㎜の指定の範囲に切片を貼付してください。
範囲内であれば複数検体貼付していただいても構いません。

Q6. ROI、AOIとは何のことですか？

A6.
関心領域を表す用語で、対象とする領域がそれぞれ異なります。
- ROI（Region of Interest）：組織中の関心領域
  ※下図の丸で囲った領域全域
- AOI（Area of Interest）：ROI中のUV照射によってインデックスオリゴを回収する領域
  ※ROI中の色で塗りつぶされている領域

Q7. ROIの種類は？

A7.
1. Geometric
  円型や四角型、五角形型またはフリーハンドのパターンで領域を選定・回収します。
2. Rare Cell
  単一細胞ごとに選定・回収します。
  ※単一細胞レベルでの解析はできません。
  　マーカーで識別した同一細胞集団での解析となります。
3. Contour
  天気図の等圧線のように特定の領域から等間隔に選定・回収します。
4. Gridded
  切片全体にグリッド線を引き選定・回収します。

Q8. ROIの大きさや形は？

A8.
- 660×785 μm が最大面積となります。
- ROIは四角や円、多角形(任意の形)の設定が可能ですが、660×785 μmをはみ出す形には設定できません。
- ROIは四角の場合は縦と横の長さ、円の場合は面積を指定できます。

Q9. 選択できるROIの数は？

A9.
スライドごとに最大22カ所のROIを選択できます。

Q10. ROIの選択方法は？

A10.
HE染色の画像にマーキングする方法でご指定いただきます。

Q11. ROIあたりの必要細胞数は？

A11.
ROIまたはAOIの最少細胞数はProtein解析で20個、RNA解析で100個がメーカーの推奨となります。

Q12. 納品されるデータは？

A12.
ご選択いただいたコースによって納品物が異なります。
- プラチナコース
  ・DCCファイル
  ・ROIの位置が入った蛍光画像（PNGファイル）
  ・Cluster解析（3比較まで）
  ・Volcano Plot（3比較まで）
- スタンダードコース
  ・DCCファイル
  ・ROIの位置が入った蛍光画像（PNGファイル）
  ※スタンダードコースの場合は、統計解析データを含みませんのでご注意ください。

Q13. 自分でDCCファイルを用いた解析は可能か？