プラスミド丸読みサービス

Service > DNAsequence > Whole plasmid sequence

Information

サービスを利用したお客様(国立感染症研究所薬剤耐性研究センター　鈴木仁人先生)よりカスタマーボイスを頂戴いたしました。

サービス概要

Oxford NanoporeTechnologies（ONT）の最新のロングリードシーケンステクノロジーを使用し、
2.5 kb～300 kbの環状プラスミドDNAの全長配列決定とアノテーションを行います。

特長

PCRによる増幅、シーケンスプライマー不要
GCリッチ、およびリピート配列に最適
ベクター配列を検証できる
プラスミドのカバレッジは平均100倍以上
国内自社ラボでライブラリ作製からシーケンスまで一貫して対応

サービスタイプ・価格・納期

本サービスはプラスミドのサイズに合わせてRegular(2.5-25 kbp), Large(25-125 kbp), XL(125-300 kbp)の3つのサービスタイプがあります。

サービス名	サイズ	価格	納期
Regular	2.5 - 25 kbp	¥9,900	1 - 2 週間
Large	25 - 125 kbp	¥13,200	2 - 3 週間
XL	125 - 300 kbp	¥16,500	2 - 3 週間

納品物

SAMPLE.Plasmid_Analysis_Report.html：分析レポート
SAMPLE.Plasmid_annotations.csv：アノテーションテーブル***
SAMPLE.Plasmid_annotations.gbk：注釈付きプラスミドアセンブル配列（GenBank形式）*
SAMPLE.Plasmid_assembly.fasta：プラスミドアセンブル配列
SAMPLE.Plasmid_assembly.fastq：プラスミドアセンブル配列**
SAMPLE.Plasmid_assembly_per_base_qualities.csv：信頼性スコアを含む各塩基の品質
SAMPLE.Plasmid_map.png：プラスミドマップ***
SAMPLE.rawdata.fastq.gz：生データ

* シーケンスと特徴をSnapGene等のソフトウェアにインポートできます
**　SnapGene Viewer等のソフトウェアで表示することで、信頼性の低い位置をすばやく識別できます
***　プラスミドマップとアノテーションテーブルは、アセンブル配列が2.5 – 50 kbの場合にのみ作成されます

データ解釈ガイドはこちら (PDF)

サンプル調製

サンプルはヌクレアーゼフリーの水もしくは、10 mM Tris-HCl(pH 8.5 )に溶解し、下記の濃度、容量にて1.5 mLチューブにてお送りください。

サービス名	サイズ	濃度	最低容量
Regular	2.5 - 25 kbp	30 ng/µl	20 µl
Large	25 - 125 kbp	50 ng/µl	30 µl
XL	125 - 300 kbp	50 ng/µl	50 µl

濃度測定の際には分光光度計による測定はせず、蛍光による測定法を用いてください。
分光光度計による方法では濃度が不足し、データが取れない場合がありますのでご了承ください。

ご利用の流れ

1. ログイン
ログイン後、プラスミド丸読みサービスのご注文を開始できます。
アカウントをお持ちでない方は、こちらから新規登録をお願いいたします。

2. ご依頼内容の入力
ご注文ウィザードからご依頼内容の詳細をご入力ください。

3. ご注文内容の確認
お申し込み直後に、自動返信メール「プラスミド丸読みサービス受付のお知らせ」で受付内容をご連絡いたします。内容をご確認の上印刷してください。

4. サンプル調製
ご案内のサンプル調製方法に従ってご準備をお願いいたします。

5. サンプル発送
印刷した自動返信メールをサンプルに同封してお送りいただきます。
発送は常温便で、お客様負担（元払い）でお願いいたします。

送付先住所

〒143-0003 東京都大田区京浜島3-5-5 日通京浜島センター新棟2F
ユーロフィンジェノミクス株式会社次世代シーケンス部門プラスミド丸読み担当宛
TEL: 03-6631-0106

6. サンプル受領・結果報告
サンプルを受領後、「プラスミド丸読みサービス受注のお知らせ」メールをお送りします。
このメールには、解析完了予定日が記載されています。
解析結果が得られ次第、メールにてご報告いたします。
納品ファイルは、マイオーダーページからダウンロード可能です。
ログイン後、該当するオーダーの行をクリックし、「ドキュメントとファイル」より取得してください。

※解析完了後、サンプルは廃棄処理させていただきます。

ご注文ウィザードはこちらから

「プラスミド丸読みサービスご注文ウィザード」ボタンより、ご注文をお願いいたします。注文ウィザード画面に沿って、必要項目へのご入力をお願いいたします。

注文完了後、弊社までサンプルをお送りください。

プラスミド丸読みサービス
注文ウィザード

FAQ

最低サンプル数はありますか？

サンプルは何点でも結構です。

精度はどのくらいですか？

使用している装置のメーカーによると、精度は99.3％とされています。また、研究者の間では93～98％の精度と聞いています。

プラスミド丸読みサービスはサンガーシーケンスと比べてどうですか？

どちらのシーケンス法にも長所と短所があります。サンガーシーケンスとOxford Nanoporeシーケンス（ONT）は、どちらもDNA断片の塩基配列を決定する方法です。一般的に、サンガー法は短いリードのシーケンスでは最も正確な方法であり、NGS法は長いリードのシーケンスに適していると考えられています。全体として、サンガーシーケンスとONTのどちらを選択するかは、アプリケーションの特定のニーズによって異なります。どちらの方法にも長所と限界があり、適切な方法は、DNAサンプルの長さや質、希望する精度レベル、必要な装置のコストや入手可能性などの要因によって異なります。

	利点	欠点
サンガーシーケンス	・広く使用され、確立された方法・精度と正確性が高い・ハイスループットシーケンスの自動化が可能・結果の視覚的解釈が容易	・リード長に制限がある（通常1000塩基対まで）・比較的大量の高品質DNAが必要・長い領域をカバーするには複数のプライマー設計が必要・繰り返し領域は苦手
プラスミド丸読みサービス	・長いリード長（最大数十万塩基対）・低品質や劣化したDNAを含む、幅広いサンプルタイプの配列決定が可能・プライマー設計が不要	・サンガーシーケンスと比較して、特に短いリードでは精度が低い・サンガーシーケンスに比べて塩基対あたりのコストが高い・単一塩基の解析ができない

混合プラスミドのシークエンスをお願いできますか？