次世代シーケンス GRAS-Di®技術によるゲノム解析

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Information

NEW メーカーサポート終了によりHiSeq4000によるシーケンスは3月末で終了し、現在はNovaSeq6000によるシーケンスです！
NEW ジェノタイピング研究をトータルにサポート！
連鎖地図作成、QTL解析、DNAマーカー作製支援、ゲノムDNA抽出サービスもお問合せください！
サービス紹介資料はこちら

特徴

ゲノムワイドなジェノタイピングでゲノム育種や自然集団解析をサポート
迅速なマーカー探索、マーカー選別、QTL解析、連鎖地図作製、集団遺伝学解析など

GRAS-Di^®解析技術紹介動画はこちら

GBSやRAD-seqに比べて解析領域の偏りが少なく、ゲノム上一様なジェノタイピングが可能。
アンプリコン増幅の再現性が非常に高く、ジェノタイプデータの欠損が少ない。
ゲノム情報が利用可能な生物種では、アンプリコンマーカーのマッピングとSNP抽出も可能。
リファレンス配列が無い生物種においてもジェノタイピングが可能。
リファレンス配列が未決定の生物種においても、比較解析を行うサンプルがお手元にあれば、ゲノムワイドなジェノタイピング解析が可能。
分離集団また自然集団においてもジェノタイピングが可能。

GRAS-Di^®技術はトヨタ自動車株式会社にて開発されました。
GRAS-Di^®はトヨタ自動車株式会社の登録商標です。
GRAS-Di（グラスディーアイ） Genotyping by Random Amplicon Sequencing-Direct

＞フライヤーPDF資料: 新規GRAS-Di^®技術によるゲノム解析　フライヤー（PDF）
GRAS-Di^® NovaSeq6000大規模解析フライヤー
 GRAS-Di^® 解析イメージ（PDF）

イルミナ株式会社ウェビナー「次世代シーケンサーを利用した新規genotyping技術GRAS-Di^®の開発」

イルミナiSchool プロフェッショナルウェビナーはこちら

＞ GRAS-Di^®をご利用いただいた論文

参考文献ページから各論文へ移行できます
(1)弊社サービスをご利用いただいた論文

Genomic evidence for speciation with gene flow in broadcast spawning marine invertebrates.
Hirase S, Yamasaki YY, Sekino M, Nishisako M, Ikeda M, Hara M, Merilä J, Kikuchi K. (2021)
Mol Biol Evol. doi: 10.1093/molbev/msab194.
Effect of Three Types of Ion Beam Irradiation on Gerbera (Gerbera hybrida) In Vitro Shoots with Mutagenesis Efficiency.
Hosoguchi T, Uchiyama Y, Komazawa H, Yahata M, Shimokawa T, Tominaga A. (2021)
Plants. 10:1480.
Major and Stable Quantitative Trait Locus qSS2 for Seed Size and Shape Traits in a Soybean RIL Population.
Kumawat G, Xu D. A. (2021)
Front Genet. 12:646102.
QTL analysis of crown gall disease resistance in apple: first plant R gene candidates effective against Rhizobium rhizogenes (Ti).
Moriya, S., Iwanami, H., Haji, T. et al. (2021)
Tree Genetics & Genomes 17:25.
Genetic Dissection of a Precocious Phenotype in Male Tiger Pufferfish (Takifugu rubripes) using Genotyping by Random Amplicon Sequencing, Direct (GRAS-Di).
Yoshikawa S, Hamasaki M, Kadomura K, Yamada T, Chuda H, Kikuchi K, Hosoya S. (2021)
Mar Biotechnol (NY). doi: 10.1007/s10126-020-10013-4.
Random PCR-based genotyping by sequencing technology GRAS-Di (genotyping by random amplicon sequencing, direct) reveals genetic structure of mangrove fishes.
Hosoya S, Hirase S, Kikuchi K, Nanjo K, Nakamura Y, Kohno H, Sano M.
Mol Ecol Resour. 2019 Sep; 19:1153-1163. doi: 10.1111/1755-0998.13025.

(2)GRAS-Di技術ご利用論文（弊社以外でのサービスご利用者様を含む）

＞対応生物種豊富な解析実績　国内外から120生物種以上、40,000サンプル以上(2021年3月時点)

トヨタ自動車株式会社様検証済み対応生物種（58生物種）

イネ
コムギ
トウモロコシ
サトウキビ

ダイズ
ラッカセイ
エンドウ
トマト
ナス
ピーマン
パプリカ
ジャガイモ
サツマイモ
キャベツ
レタス
ハクサイ

ダイコン
ブロッコリー
カリフラワー
ネギ
タマネギ
キュウリ
カボチャ
ホウレンソウ
ニンジン
ゴボウ

イチゴ
メロン
スイカ

サブクローバー
ホースグラム

ミヤコグサ

リンゴ
モモ
ナシ
オレンジ
カキ
ブドウ
イチジク
キウイ
ユズ
スダチ
プルーン

キク

スギ
サクラ

ヒト

ウシ
ブタ
ニワトリ

ウマ
ウサギ

ハムスター
モルモット
ラット

マグロ

シイタケ
マイタケ

ユーロフィンジェノミクス株式会社受託実績（数万検体以上）※

植物　（イネ、かんきつ類、バラ類、アブラナ科、セリ科）
動物　（魚類、貝類、昆虫類）

※一度に1,000検体以上のご依頼も承ります。

＞ GRAS-Di^® - (例) 優性マーカー/共有性マーカーのジェノタイピング結果 & 染色体マッピング

＞ GRAS-Di^® - (例) 分離集団の解析、自然集団の解析

＞ よくあるご質問

サービス内容

ランダムプライマーセットを用いた2回のPCR反応により、ゲノムを一様にカバーしたアンプリコンを増幅後、次世代シーケンサーにてシーケンスを行い、独自に開発されたソフトでジェノタイピング解析を行います。

● 内容：ライブラリ調製からシーケンスデータ解析まで

GRAS-Di^®ライブラリ調製
NovaSeq6000によるシーケンス
GRAS-Di^®解析ソフトによるシーケンスデータの解析（アンプリコンの有無をベースにしたジェノタイピング結果、アンプリコンマーカーのマッピング結果）

● オプション：ゲノム情報が利用可能な生物種では、バイオインフォマティクスのご相談を承ります。
（SNP抽出）
※解析可能な生物種についてはお問い合わせください。

● 納品物

シーケンシング配列データ（fastq形式)
GRAS-Di^®解析ソフトによる解析結果(Excelで閲覧可能な形式) ※ GRAS-Di紹介動画も併せてご参照ください
共優性マーカーの詳細情報※
アンプリコンのマッピング位置情報※

※解析のご対応可能な場合に納品させて頂きます。

ご依頼の流れ

gDNA： >30ng/ul, >20ulをお送りください。
（規定量に満たない場合はご相談ください）
濃度はUVを用いた吸光光度法により測定・ご確認ください。
（蛍光測定法による定量はご遠慮ください）
冷蔵便もしくは冷凍便にてサンプルをご送付ください。
TEへ溶出したgDNAサンプルをご準備ください。

※ サンプルが規定量に達しない場合はご相談ください。

※ 電気泳動法などを利用し、RNAのコンタミネーションがないこと、gDNAが分解していないことをご確認ください。

※ サンプルの送付には、弊社にて対応可能な容器をご利用ください。他の形状の容器をご利用いただいた場合には、追加作業が発生するため、納期を変更させていただく場合や追加料金をご請求させていただく場合がございます。予めご了承ください。

サンプル発送時の注意事項
サンプルの送付には、弊社にて対応可能な容器をご利用ください。
他の形状の容器をご利用いただいた場合には、追加作業が発生するため、
納期を変更させていただく場合や追加料金をご請求させていただく場合がございます。予めご了承ください。
（参考）シングルチューブご利用の場合：追加料金＋500円（税別）/サンプル、追加納期：+2週間

参考価格

ご計画の対象生物、サンプル数をお知らせください。最適なプランをご提案いたします。

お問い合わせ

仕様(※) - 参考例	参考価格(税込)	1サンプル相当	納期
48サンプル、250Mreads/total、データ解析あり	￥363,000 （￥330,000税抜+￥33,000消費税）	約6,800円（税抜）	サンプルQC合格後 7〜10週間
96サンプル、500Mreads/total、データ解析あり	￥539,000 （￥490,000税抜+￥49,000消費税）	約5,100円（税抜）	サンプルQC合格後 7〜10週間
96サンプル、500Mreads/total、データ解析なし	￥484,000 （￥440,000税抜+￥44,000消費税）	約4,600円（税抜）	サンプルQC合格後 6〜9週間
1000サンプル、NovaSeq6000 1レーン、データ解析ありの場合	ご相談	ご相談	サンプルQC合格後 9～12週間
1000サンプル、NovaSeq6000 1レーン、データ解析なしの場合	ご相談	ご相談	サンプルQC合格後 9～12週間