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次世代シーケンス GRAS-Di®技術によるゲノム解析

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GRAS-Di 解析結果の見方

 

・優性マーカーのジェノタイピング結果 ※動画「はじめてのGRAS-Di」もご参考ください

 

トヨタ自動車社ソフトウェアを用いた解析では、このような結果が得られます。
父サンプルと母サンプルの掛け合わせで、2サンプルの子供(子1と子2)が得られた例です。

例えば、1つ目の遺伝子座に注目すると、
父ではアンプリコンが増えていますが、母ではアンプリコンが増えていません。
子1ではアンプリコンが増えているため、父と同じジェノタイプを持ち、
子2ではアンプリコンが増えていないため、母と同じジェノタイプを持つことになります。

解析結果の表では、アンプリコンが増えている場合は「P」、
アンプリコンが増えていない場合は「N」と表されます。

 

 

・共優性マーカーの検出結果

 

 

優性マーカー同士で配列パターンでグルーピングをして、分離比でフィルタリングを行うことで、共有性マーカーのペアを検出することができます。

例えば、アンプリコン1とアンプリコン5は配列はほとんど同じですが、「A」という塩基をもつアンプリコン1は6本、「C」という塩基をもつアンプリコンは2本あり、分離比として「3:1」となります。

 

 

・マッピング結果

 

参照ゲノム配列が有る場合には、優性マーカーのマッピング位置を検出した結果も納品いたします。

マッピング結果は複数箇所になることもあります。
たとえば、アンプリコン1では、染色体1番、7番、12番、8番の4つの候補位置が検出されています

 

ご利用事例 - 分離集団の場合

 

・連鎖地図作成、QTL解析、親子判定、マーカー取得などにご利用頂けます。

 

ご利用事例 - 自然集団の場合

 

・集団遺伝解析(遺伝距離算出、集団構造解析、血縁関係解析など)、系統樹作成などにご利用頂けます。

 

 

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ユーロフィンジェノミクス株式会社
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E-mail ngs-jp@eurofins.com
TEL 03-6701-8084

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