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ジェノタイピング研究 サポートサービス

Service > NGS > GRAS-Di_Option
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ゲノムDNA抽出

ゲノムDNA抽出

サービス内容

検体からのゲノムDNA抽出及びその品質を確認いたします。組織、エタノール浸漬組織、細胞ペレットなど様々な試料に対応。
(例)シロイヌナズナ、イネ、タマネギ、動物組織、魚類など

ゲノムDNA抽出サービス

 

  • 【内容】
     検体からのDNA抽出(QIAGEN DNeasy Kitを使用)
     抽出DNAの品質確認(UV法による濃度測定、アガロース電気泳動)

  • 【納品物】
     抽出DNA
     作業報告書、品質確認結果データ

 

検体のご準備方法

 

 

検体のご提出に際しては、チューブ2本(抽出作業2回分)をご用意ください。

検体 形状、保存状態 必要量
(チューブ1本あたり)
送付方法
動物組織 3-5 mm角、-80℃凍結保存 25 mg程度
(脾臓は10 mg程度)
ドライアイス便
エタノール
浸漬動物組織
3-5 mm角、冷蔵保存 25 mg程度 冷蔵便
動物細胞 ペレット、-80℃凍結保存 5×106個程度 ドライアイス便
植物組織 (葉*) 3-5 mm角、-80℃凍結保存 100 mg程度 ドライアイス便

 

*葉以外の組織の場合は抽出を承ることができない場合がございますので、事前にご相談ください。

 

抽出DNAの品質(収量、分解度など)は、お送りいただいた検体の状態によって左右されるため保証の限りではありません。
代替検体のご準備をご相談する場合もあります。また、それに伴って追加作業が発生した場合には追加費用が発生する場合もありますので予めご了承ください。
やむを得ない事由によって作業を途中で中止せざる負えなくなった場合は、要した費用をご請求させていただきます。
また、お預りした検体のご返却はお受けしかねますのでご了承ください。
記載は目安です。97検体以上の場合や、繁忙期には納期が延びることもあります。

 

参考料金

ご計画の対象生物、サンプル数をお知らせください。最適なプランをご提案いたします。

参考例 参考価格(税込) 標準納期
動物、96検体 ¥1,650/sample 検体受領後2~4週間
植物、96検体 ¥2,750/sample 検体受領後3~5週間
動物、192検体 ご相談 ご相談
植物、192検体 ご相談 ご相談

※弊社ラボの繁閑状況や多検体(97検体以上)の場合には、納期が前後する可能性がございます。予めご了承ください。

 

対応生物種

シロイヌナズナ、イネ、タバコ、
リンゴ、ブドウ、柑橘類、ダイコンなど
詳細は下記URLもご参照ください。
DNeasy Plant Pro and Plant Kits > Performance

動物種(各組織)、魚類等、昆虫、哺乳類など
詳細は下記URLもご参照ください。
DNeasy Blood & Tissue Kits > Typical yields from animal tissues using DNeasy Blood & Tissue Kits

 

連鎖地図作成

連鎖地図作成

サービス内容

GRAS-Di解析によるジェノタイピング結果とSNP抽出結果を基に、連鎖地図を作成いたします。

連鎖地図作成サービス

 

  • 【内容】
     連鎖地図作成

  • 【納品物】
     連鎖地図(png)
     解析報告書(pdf)
     マップデータ(csv)

 

ご依頼方法

 

  • ご依頼に際しては以下のデータをご提供ください。
    ・ジェノタイピング、マッピングデータ(GRAS-Diソフトでの結果)
    ・SNP抽出データ(vcf)

  • ご注意
    連鎖地図作成を進めるに際し、その作業プロトコールや手順の条件等、事前に確認・お打合せさせていただきます。
    事前の打合せ条件からの変更、あるいはご提出データが揃わなかったり不備が見られた場合は、追加費用をご請求させていただくこともあります。また、ご要望の途中変更に伴って追加作業が発生した場合にも、追加費用が発生する場合もありますので予めご了承ください。
    事前の打合せ条件に基づいて作業をいたします。作成する連鎖地図の品質を保証するものではありませんのでご注意ください。

 

参考料金

ご計画の対象生物、サンプル数をお知らせください。最適なプランをご提案いたします。

参考例 参考価格(税込) 標準納期
家系集団、96検体
リファレンスあり
¥165,000 解析開始後3~6週間
家系集団、96検体
リファレンスなし
(ご相談) (ご相談)

※弊社ラボの繁閑状況や多検体(97検体以上)の場合には、納期が前後する可能性がございます。予めご了承ください。

 

QTL解析

QTL解析

サービス内容

R/qtlにてQTL解析を行います。

QTL解析サービス

 

  • 【内容】
     QTL解析

  • 【納品物】
     解析報告書 (pdf)
     LODチャート (png)
     数値データ (csv)

 

ご依頼方法

 

  • ご依頼に際しては以下のデータをご提供ください。
    ・連鎖地図データ「マーカー名、染色体名、位置(cM)情報を含む」
    ・フェノタイプ情報「サンプル名、形質名、形質値情報を含む」
    ・ジェノタイピング、マッピングデータ(GRAS-Diソフトでの結果)
    ・SNP抽出データ(vcf)

  • ご注意
    QTL解析を進めるに際し、その作業プロトコールや手順の条件等、事前に確認・お打合せさせていただきます。
    事前の打合せ条件からの変更、あるいはご提出データが揃わなかったり不備が見られた場合は、追加費用をご請求させていただくこともあります。また、ご要望の途中変更に伴って追加作業が発生した場合にも、追加費用が発生する場合もありますので予めご了承ください。
    事前の打合せ条件に基づいて作業を進めます。QTL解析結果の品質を保証するものではありませんのでご注意ください。

 

参考料金

ご計画の対象生物、サンプル数をお知らせください。最適なプランをご提案いたします。

参考例 参考価格(税込) 標準納期
家系集団、96検体
連鎖地図あり
¥165,000 解析開始後3~6週間
家系集団、192検体
連鎖地図あり
(ご相談) (ご相談)

※弊社ラボの繁閑状況や多検体(97検体以上)の場合には、納期が前後する可能性がございます。予めご了承ください。

 

DNAマーカー作製支援

DNAマーカー作製支援

サービス内容

ターゲットのSNPやINDELを見分けるDNAマーカー作製をお手伝いします。

QTL解析サービス

 

  • 【内容】
     マーカー変異候補リストの作成
     プライマ―の設計と合成
     マーカーの検証

  • 【納品物】
     作業報告書
     プライマー(最大2セット/候補変異) , OPC精製品 1 O.D.
     Sangerシーケンスによる検証結果データ (基本サービス)
     HRM解析等による検証結果データ (オプションサービス)

 

ご依頼方法

 

  • 変異候補のリスト(例:vcf形式)をご提出ください。
    プライマー設計や検証結果は、お預かりする変異候補のリストの情報に依存しますので、結果保証はできませんことを予めご了承ください。
    プライマー設計や検証作業が上手く行かず、代替のリストや代替の条件をご指定頂く場合には、追加の作業にかかる実費をご請求させて頂きます。
    変異候補数が多い場合や、ご依頼が集中する繁忙期には、納期を追加させて頂く事がございます。
    やむを得ない事由によって作業を途中で中止せざる負えなくなった場合は、要した費用をご請求させていただきます。

 

参考料金

ご計画の対象生物、サンプル数をお知らせください。最適なプランをご提案いたします。

参考例 参考価格(税込) 標準納期
マーカーリスト作成
(10 lociまで)
¥66,000/一式 候補リストご提出後
1週間
プライマー設計・合成 ¥11,000/locus マーカー選定後
1~2週間
Sangerシーケンスでの検証 ¥5,500/locus プライマー合成後
1週間

※弊社ラボの繁閑状況や変異候補数が多い場合には、納期が前後する可能性がございます。予めご了承ください。

 

アンプリコンシーケンス解析

アンプリコンシーケンス解析

サービス内容

お客様にてターゲットを増幅したPCR産物(アンプリコン)に次世代シーケンスアダプターを付加して、Illuminaシーケンス/DNBSEQシーケンスを行います。

アンプリコンシーケンス解析サービス

 

  • 【内容】
     PCR産物のQC
     PCR産物へのアダプター付加によるライブラリ調製
     Illumina/DNBSEQを利用した次世代シーケンス

  • 【納品物】
     解析報告書
     シーケンス結果生データ(fastq)
     リファレンスへのマッピング結果(オプション)
     SNP/Indel 抽出結果 (オプション)

 

サンプルのご準備方法

 

  • PCR産物は水溶液40μl以上、濃度20ng/μl以上に調整してください。
    ※EDTAを含むバッファーのご使用は避けてください。
    規定量に満たない場合はご相談ください。
    核酸定量は、蛍光測定法をお勧めします。
    電気泳動などで、目的のPCR産物以外の核酸が混入していないことをご確認ください。
    PCR産物の実際の長さが短すぎたり、長すぎたりする場合には、アダプター付加が上手く行かないことがあります。

 

参考料金

ご計画の対象生物、サンプル数をお知らせください。最適なプランをご提案いたします。

参考例 参考価格(税込) 標準納期
PCR産物(長さ150~550bp)
96サンプル, MiSeq v3 2x300bp
(ご相談) サンプルQC合格後
6~10週間
PCR産物(長さ150~450bp)
96サンプル, MiSeq v2 2x250bp
(ご相談) サンプルQC合格後
6~10週間
PCR産物(長さ150~250bp)
96サンプル, NovaSeq 2x150bp
(ご相談) サンプルQC合格後
6~10週間
PCR産物(長さ150~250bp)
96サンプル, DNBSEQ 2x150bp
(ご相談) サンプルQC合格後
6~10週間

※弊社ラボの繁閑状況や多検体(97検体以上)の場合には、納期が前後する可能性がございます。予めご了承ください。

 

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  • GRAS-Di®技術はトヨタ自動車株式会社にて開発されました。
  • GRAS-Di®はトヨタ自動車株式会社の登録商標です。
  • GRAS-Di(グラス ディーアイ) Genotyping by Random Amplicon Sequencing-Direct

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お問い合わせ

サービス詳細やご不明な点などお気軽にお問い合わせください。

ユーロフィンジェノミクス株式会社
次世代シーケンス プロダクトサポート
E-mail ngs-jp@eurofins.com
TEL 03-6701-8084

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