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(研究用) SARS-CoV-2 次世代シーケンシング解析

Service > NGS > sarscov2-rnaseq
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ARTIC SARS-CoV-2 RNAシーケンス

 

【特長】

 

RNAサンプルからcDNAへの逆転写後、ARTIC V3プライマー(200を超えるプライマーペアで構成され、29.9 kbのウイルスゲノム全体をカバー)を使用したPCR操作を行います。SARS-CoV-2ウイルスゲノムをカバーするアンプリコン増幅によって、より微量なRNA(>1000コピー)の解析が可能です。
SARS-Cov-2次世代シーケンシング解析は、感染症疫学、各種コロナ研究プロジェクト、ワクチン開発のためのウイルス変異体の同定など、多様な研究アプリケーションをサポートします。

 

【受入サンプル】

 

抽出RNA (DNAseフリー) min.100ng/サンプル (5ng/μl in 20μL)

RNA量: ウイルスからの抽出RNAについてqPCRアッセイを使用してご確認ください。必要CT値は18〜35の間、12〜15の場合はサンプルを水で100倍に希釈し てください。15〜18の場合は水で10倍に希釈してください。これによりPCR阻害の可能性が低くなります。
RNA純度: OD 260/280:1.8-2.0; OD 260/230:2.0-2.2; RINまたはRQI値≥8
容量: 20µl (5ng/μl)

 

【解析場所】

 

ドイツ

 

【サービス内容】

 

  • cDNAの調製
  • ARTIC V3プライマーを使用したウイルスゲノムの濃縮とライブラリー調製
  • illuminaシーケンシング, 2x150bpペアエンドリード, 期待リード数:平均 5M Read
  • プライマーのトリミングとSARS-CoV-2リファレンスへのマッピング
  • SNPテーブル、ゲノムカバレッジが90%を超えるサンプルのアラインメントベースのコンセンサス*ウイルスゲノム配列生成
    (*コンセンサス配列は、十分なカバレッジ(SARS-CoV-2ゲノム >95%かつ  >3x最小カバレッジ)を持つ分離サンプルに対して決定されます)
  • ISO17025認定施設での作業

 

【納品物】

 

  • シーケンシング配列生データ(FASTQ形式)
  • 検出されたコンセンサスSARS-CoV-2ゲノム配列データ(Fasta形式)
  • 分析レポート(HTML/PDF)

 

【納期】

 

1~24サンプル= 4-5週間
25サンプル以上は別途お問合せください。

 

【参考価格】

 

1~8サンプル一式 ¥260,000(税抜)/一式
9~16サンプル一式 ¥340,000(税抜)/一式
17~24サンプル一式 ¥410,000(税抜)/一式

 

【ご依頼方法】

 

メールにてお問合せください。

 

★ ご注意
これらのサンプルに対しては、到着後に作業エントリQC(RNAサンプルの品質確認)を実行することが難しいことをご了解下さい。
ご提出いただいたサンプル状態によってライブラリ調整が上手くいかなかった場合は、その後ののシーケンスは行われません(ライブラリ準備費用のみが請求されます)。

 

 

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お問い合わせ

サービス詳細やご不明な点などお気軽にお問い合わせください。

ユーロフィンジェノミクス株式会社
次世代シーケンス プロダクトサポート
E-mail ngs-jp@eurofins.com
TEL 03-6701-8084

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HiSeq, MiSeqはIllumina社の、PacBio SequelはPacific Bioscience社の商標です。

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