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Information
- 納期短縮プランにパワーアップ！サンプルQC合格から納品まで最短1か月！
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特徴
mRNA-Seq 遺伝子発現量解析
【mRNA-Seq遺伝子発現量 × NovaSeq 6000 バリュープライス】
遺伝子配列リソースが充実した生物種における、mRNA-Seqによるサンプル間の遺伝子発現量 （Differential Expression）解析を行います。バイオインフォマティックスでは、マッピング、変異候補抽出をオプション解析することができます。
- mRNA精製：ポリA精製 or rRNA枯渇
- Strand specific ライブラリ調製
- バイオインフォマティクス解析：遺伝子発現量解析 or 変異抽出解析ができる（変異抽出解析も可）
サンプル条件
RNAサンプルのご準備に際しての注意事項は以下の通りです。
- 高品質のtotal RNAを2μg以上（濃度は20ng/μl以上）ご調製ください。
※rRNA枯渇を行う場合は、total RNAは推奨量5μg以上、必要量2.5μg以上（濃度は20ng/μl以上）ご調製ください。
- 核酸定量は、蛍光測定法をお勧めします。サンプル量が規定量に満たない場合はご相談ください。
- RNAサンプルはRNase-free水もしくは、市販RNA抽出キット付属の溶出液に溶解してください。
- 電気泳動にてサンプルに分解がないことをご確認ください。
※品質が良くない場合は、特別な処理が必要になり、追加料金を頂戴することもございます。
- DNAのコンタミネーションがないことを確認してください（DNase処理を推奨）。
- ドライアイス梱包にてクール便で送付してください。
※ドライアイスの重みでチューブが破損することを防ぐため、塊状のドライアイスは細かくして頂き、輸送時の衝撃を和らげるため、梱包材を入れて頂くことをお勧めいたします。
サービス内容
- 受領したRNAサンプルについて、品質確認（サンプルQC）を行います。
- 目的に応じたRNAの精製を行います。
ポリA精製 (*1) もしくは、rRNA枯渇処理 (*2)
- 精製したRNAの断片化を行います。
- ランダムプライマーを用いた逆転写反応により、cDNAを合成します。
- アダプター付加、2nd Strand cDNAの断片化を行い、Strand-specific mRNAライブラリーを調製します。
- 調製したライブラリーをシーケンシングします。
- （オプション解析）取得した配列を参照配列（*3)にマッピングし、遺伝子発現量の定量解析などを行います。
*1 mRNA-Seqライブラリ調製： ポリA精製
真核生物を対象とした標準ライブラリ調製方法です。total RNA をサンプルとしてお預かりして、ポリA精製を行い、mRNAを精製します。この mRNA を cDNA 化し、所定のアダプタを付加することにより、mRNA-Seq （Strand Specific）ライブラリを調製します。
*2 mRNA-Seqライブラリ： 細菌の場合
rRNA 枯渇処理 （通常はIllumina RiboZeroを使用）
原核生物（細菌）の場合、mRNA は原則として ポリA構造を持たないため、これを用いた mRNA 精製が困難です。かといって精製を行わないでシーケンシングをしても、rRNA配列ばかりを読んでしまうことになります。細菌トランスクリプトーム解析を実現するためには、予めプローブによる rRNA 枯渇処理を行ってから、cDNA 化、ライブラリ調製を行う必要があります。生物種により相性がありますので、予めご相談ください。なお、実際の rRNA 枯渇の程度については、当社で保証することはできません。
ヒト・マウス・ラットの total RNA サンプルからも、rRNAを効率よく除去することができます。断片化が進んだFFPEサンプルのrRNA除去に有効なだけではなく、ポリA精製によって失われていた、ポリA末端を持たないトランスクリプトをシーケンス解析対象とすることが可能となります。詳細については、お問い合わせください。
*3：参照配列
標準サービスでは、mRNA配列を参照配列としたマッピングを行います。
オプション解析として、参照ゲノム配列を対象としたマッピングを行います。
納品物
mRNA-Seq データのマッピング＆遺伝子発現量解析
解析なしの場合
- Rawデータ（FASTQ形式）
解析ありの場合
- シーケンシング配列データ fastQ形式
- マッピング結果データ bam形式
- 遺伝子発現量データ Excelで閲覧可能な形式
価格・納期
mRNA-Seq遺伝子発現量解析
- サンプルQC費用、Strand specificライブラリ調製費用を含みます。
- NovaSeq 6000 2x150bp、0.13億read~/sample、2Gb~/sample
- 納期：サンプルQC合格後4～7週
※ バイオインフォマティクス解析ありの場合、+1~2週
- 参考価格：￥33,000/サンプル
マッピング＋遺伝子発現量解析：+￥22,000/サンプル（参考価格）
- 出荷費用：USBメモリーの場合 ￥5,000（参考価格）、HDDの場合 ￥10,000（参考価格）
※ NovaSeq 6000、1レーンの解析も承ります。詳しくはご相談ください。
【オプション】
| 項目 |
参考価格 |
細菌、ヒト、マウス、ラット
mRNA-Seqの為の「rRNA枯渇サービス」 |
＋￥35,000 /サンプル |
| サンプルQC（2回目以降） |
＋￥3,000 /サンプル |
※対応細菌種については、予めお問い合わせください。
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お問い合わせ
サービス詳細やご不明な点などお気軽にお問い合わせください。
ユーロフィンジェノミクス株式会社
次世代シーケンス プロダクトサポート
E-mail ngs-jp@eurofins.com
TEL 03-6631-0106
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