次世代シーケンストランスクリプトーム解析

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Information

納期短縮プランにパワーアップ！サンプルQC合格から納品まで最短1か月！(PDF)

価格・納期

mRNA-Seq遺伝子発現量解析

サンプルQC費用、Strand specificライブラリ調製費用を含みます。
NovaSeq 2x150bp、0.13億read~/sample、2Gb~/sample
納期：サンプルQC合格後4～7週
※ バイオインフォマティクス解析ありの場合、+1~2週
参考価格：￥33,000/サンプル
マッピング＋遺伝子発現量解析：+￥22,000/サンプル（参考価格）
出荷費用：USBメモリーの場合￥5,000（参考価格）、HDDの場合￥10,000（参考価格）

　　※ NovaSeq、1レーンの解析も承ります。詳しくはご相談ください。

【オプション】

項目	参考価格
細菌、ヒト、マウス、ラット mRNA-Seqの為の「rRNA枯渇サービス」	＋￥35,000 /サンプル
サンプルQC（2回目以降）	＋￥3,000 /サンプル

特徴

mRNA-Seq 遺伝子発現量解析
【mRNA-Seq遺伝子発現量 × NovaSeq バリュープライス】

遺伝子配列リソースが充実した生物種における、mRNA-Seqによるサンプル間の遺伝子発現量（Differential Expression）解析を行います。バイオインフォマティックスでは、マッピング、遺伝子発現量解析をオプション解析することができます。

mRNA精製：ポリA精製 or rRNA枯渇
Strand specific ライブラリ調製
バイオインフォマティクス解析：マッピング、遺伝子発現量解析

サンプル条件

RNAサンプルのご準備に際しての注意事項は以下の通りです。

高品質のtotal RNAを2μg以上（濃度は20ng/μl以上）ご調製ください。
※rRNA枯渇を行う場合は、total RNAは推奨量5μg以上、必要量2.5μg以上（濃度は20ng/μl以上）ご調製ください。
核酸定量は、蛍光測定法をお勧めします。サンプル量が規定量に満たない場合はご相談ください。
RNAサンプルはRNase-free水もしくは、市販RNA抽出キット付属の溶出液に溶解してください。
電気泳動にてサンプルに分解がないことをご確認ください。
※品質が良くない場合は、特別な処理が必要になり、追加料金を頂戴することもございます。
DNAのコンタミネーションがないことを確認してください（DNase処理を推奨）。
ドライアイス梱包にてクール便で送付してください。
※ドライアイスの重みでチューブが破損することを防ぐため、塊状のドライアイスは細かくして頂き、輸送時の衝撃を和らげるため、梱包材を入れて頂くことをお勧めいたします。

サービス内容

受領したRNAサンプルについて、品質確認（サンプルQC）を行います。
目的に応じたRNAの精製を行います。
ポリA精製 (*1) もしくは、rRNA枯渇処理 (*2)
精製したRNAの断片化を行います。
ランダムプライマーを用いた逆転写反応により、cDNAを合成します。
アダプター付加、2nd Strand cDNAの断片化を行い、Strand-specific mRNAライブラリーを調製します。
調製したライブラリーをシーケンシングします。
（オプション解析）取得した配列を参照配列（*3)にマッピングし、遺伝子発現量の定量解析などを行います。

*1 mRNA-Seqライブラリ調製：ポリA精製

真核生物を対象とした標準ライブラリ調製方法です。total RNA をサンプルとしてお預かりして、ポリA精製を行い、mRNAを精製します。この mRNA を cDNA 化し、所定のアダプタを付加することにより、mRNA-Seq （Strand Specific）ライブラリを調製します。

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*2 mRNA-Seqライブラリ：細菌の場合

rRNA 枯渇処理　（通常はIllumina RiboZeroを使用）

原核生物（細菌）の場合、mRNA は原則としてポリA構造を持たないため、これを用いた mRNA 精製が困難です。かといって精製を行わないでシーケンシングをしても、rRNA配列ばかりを読んでしまうことになります。細菌トランスクリプトーム解析を実現するためには、予めプローブによる rRNA 枯渇処理を行ってから、cDNA 化、ライブラリ調製を行う必要があります。生物種により相性がありますので、予めご相談ください。なお、実際の rRNA 枯渇の程度については、当社で保証することはできません。

ヒト・マウス・ラットの total RNA サンプルからも、rRNAを効率よく除去することができます。断片化が進んだFFPEサンプルのrRNA除去に有効なだけではなく、ポリA精製によって失われていた、ポリA末端を持たないトランスクリプトをシーケンス解析対象とすることが可能となります。詳細については、お問い合わせください。

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